Κάθε χρόνο το Π.Μ.Σ. δημοσιεύει πρόσκληση υποβολής αιτήσεων για εισαγωγή στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του επόμενου ακαδημαϊκού έτους, στον Τύπο και στην ιστοσελίδα του Π.Μ.Σ. Οι ενδιαφερόμενοι υποψήφιοι φοιτητές υποβάλλουν αίτηση στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ. στο καθορισμένο, σύμφωνα με την πρόσκληση, χρονικό διάστημα. Οι υποψήφιοι, μαζί με την αίτηση, υποβάλλουν τα παρακάτω δικαιολογητικά:
1. Αναλυτικό βιογραφικό σημείωμα.
2. Αντίγραφο πτυχίου.
3. Πιστοποιητικό ισοτιμίας και αντιστοιχίας από το ΔΟΑΤΑΠ για όσους έχουν πτυχίο Πανεπιστημίου της αλλοδαπής.
4. Πιστοποιητικό αναλυτικής βαθμολογίας.
5. Δύο Συστατικές επιστολές από μέλη Δ.Ε.Π. οι οποίες πρέπει να σχολιάζουν ουσιαστικά και να αξιολογούν την ικανότητα του υποψηφίου ή της υποψηφίας να ανταπεξέλθει στις απαιτήσεις του Π.Μ.Σ.
6. Οποιοδήποτε άλλο στοιχείο, το οποίο θα ενισχύσει την υποψηφιότητά τους (λοιποί τίτλοι σπουδών, πτυχία ξένων γλωσσών, αντίγραφα δημοσιεύσεων ή ανακοινώσεων, αντίγραφα συμβάσεων εργασίας ή έργου, αποδεδειγμένη συμμετοχή σε ερευνητικά προγράμματα).
Η αξιολόγηση των υποψηφίων για το Π.Μ.Σ. γίνεται από Τριμελή Επιτροπή Αξιολόγησης Μεταπτυχιακών Φοιτητών απαρτιζόμενη από μέλη ΔΕΠ που έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο και ορίζεται από τη Σ.Τ. μετά από εισήγηση της Σ.Ε του Π.Μ.Σ. Η Επιτροπή καταρτίζει πλήρη κατάλογο των υποψηφίων και ύστερα από τον σχετικό έλεγχο, απορρίπτει όσους δεν πληρούν τα τυπικά κριτήρια. Μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας αξιολόγησης (γραπτή εξέταση, συνέντευξη και μοριοδότηση κριτηρίων), καταρτίζεται η σειρά κατάταξης των υποψηφίων και ο τελικός πίνακας των επιτυχόντων. Με την περάτωση της αξιολόγησης, σε περίπτωση ισοψηφίας, γίνονται δεκτοί όλοι οι ισοψηφήσαντες ακόμα και εάν ο μέγιστος αριθμός εισακτέων υπερβαίνει τους 12. Ο τελικός πίνακας επιτυχόντων επικυρώνεται από τη Σ.Τ. εντός τριών εβδομάδων από την ημερομηνία διεξαγωγής των συνεντεύξεων.